根据去年播出的「时间飞船24」世界观改编，以三恶人为主人公的时间飞船系列作品。三恶人是指本作中的坏蛋三人组，平常的掩饰身份为世界最大的教科书出版社“历史天国社”第14仓库课的成员，分别是毕玛乔（喜多村英梨）、兹夫亚基（平田广明）和铃木（三宅健太）。
这一日，林枫正在林府凝聚武魂，不想，他才刚将剑武魂修炼成雏形，未婚妻姬漫夭就趁机夺走了他的武魂，还导致其差点吐血身亡。与此同时，林枫的精神进入到了葬神之地，葬神之地神秘女子告诉林枫，他可以通过磨灭葬身于此的古神，获得庞大的武道力量跟知识。现实世界，原本是林家大少爷的林枫因为失去了剑武魂，从而不再受到家仆们的尊重，他们处处针对林枫，就连林枫的妹妹林香儿生病，他们都不愿意出手帮助分毫，直到林枫使用从葬神之地得到的力量打败了黄阶武魂的强者——林宇宏，林家的人才对林枫的态度有所改观。另外一边，林枫因为没能很好地控制最新得到的力量，杀死了正在跟自己决斗的秦骁。秦骁乃是秦家大长老的孙子，并且一直受到长老们的宠爱，如今秦骁被害，秦家长老自是不甘，他们一怒之下，跑到了林家府邸，要求林家将林枫双手奉上。
犯罪率超低并在世界范围内享有盛名的和平之国东德鲁阿，其本国歌手奎恩·马尔塔（皆瀬 まりか 配音）在邻国西德鲁阿遭人暗杀。该事件使得东西两国关系瞬时紧张，战争一触即发。在此危急时刻，鲁邦三世（栗田贯一 配音）和次元大介（小林清志 配音）潜入东德鲁阿，伺机盗取传世秘宝“里特尔彗星”。谁知行动中他们遭遇警察埋伏，逃跑中一个黑影突然闪现，开枪袭击次元。次元敏锐地发现，袭击他的人很可能与杀害马尔塔的是同一人。在此之后，鲁邦与次元来到墓地，结果竟然在那里见到了一块刻有次元大介名字的墓碑。据说江湖上有一个传奇刺客奥崎耶鲁（广濑彰勇 配音），他会提前为其准备刺杀的人立上一块墓碑，凡是名字上了墓碑的人没有一个能逃过他的刺杀，但次元深感奥崎背后另有主使。与此同时，峰不二子（泽城美雪 配音）潜入某个秘密俱乐部，结果被俱乐部所有者抓获。未过多久，鲁邦和次元循着蛛丝马迹终于来到一处神秘所在，却在那里看到被囚禁起来的不二子。而就在此时，奥崎出现在他们面前……
自幼生活在电气森林的少年真吾除了拥有带电的特殊体质外，还沉湎于时代剧的氛围中。在与爷爷菜造重逢后，真吾整天无所事事，就以看电视打发时光。 不久，面堂的父亲任命真吾为终太郎的贴身侍卫，不过这个侍卫却让面堂大伤脑筋。奉面堂之命，真吾前去探查了子的行踪，结果他对了子一见钟情。正感无聊的了子得知真吾的身份，写信约其私奔，真吾为此不惜出手打倒主人面堂。乱上加乱，死缠烂打的诸星当和醋意大发的拉姆也加入其中，随引发一场混乱不堪的爱情追逐战……
「华人形计划」是医疗与艺术的融合，在人体里埋入花朵种子的胶囊， 与种子的生长产生共鸣最大限度地发挥人的潜能。 然后，人工诞生出近乎「完美」的偶像的计划， 怀抱的过去、祈祷的梦想、6种愿望复杂地交织在一起， 少年们的相遇是命运的安排吗？
自从超大型巨人出现，人类的和平与幻想被打破的那天开始，艾伦·耶格尔无尽战斗的日子就未曾中断……。
