宇宙历八世纪末、帝国历五世纪末，在卡布契兰加行星之战建立功勋的莱茵哈特·冯·缪杰尔获得基地副司令官推荐，晋升中尉成为宇宙舰队哈梅隆二号驱逐舰的航海长，好友齐格飞·吉尔菲艾斯也晋升少尉成为该舰的保安主任。出身贵族加之年纪尚轻，两位好友甫一到来招致上到副舰长下到二等兵的颇多非议和不信任。莱茵哈特和吉尔菲艾斯凭借勇猛果敢与超越阶级的平等观念赢得下级士兵的尊重。在航行至亚特密尔恒星系时，哈梅隆二号遭遇自由行星同盟舰队的伏击。身受重伤的舰长临时将指挥权交予莱茵哈特，但副舰长则强硬坚持自己的理念。少年英雄的建功之路荆棘重重…… 本片根据田中芳树的经典科幻小说改编。
犯罪率超低并在世界范围内享有盛名的和平之国东德鲁阿，其本国歌手奎恩·马尔塔（皆瀬 まりか 配音）在邻国西德鲁阿遭人暗杀。该事件使得东西两国关系瞬时紧张，战争一触即发。在此危急时刻，鲁邦三世（栗田贯一 配音）和次元大介（小林清志 配音）潜入东德鲁阿，伺机盗取传世秘宝“里特尔彗星”。谁知行动中他们遭遇警察埋伏，逃跑中一个黑影突然闪现，开枪袭击次元。次元敏锐地发现，袭击他的人很可能与杀害马尔塔的是同一人。在此之后，鲁邦与次元来到墓地，结果竟然在那里见到了一块刻有次元大介名字的墓碑。据说江湖上有一个传奇刺客奥崎耶鲁（广濑彰勇 配音），他会提前为其准备刺杀的人立上一块墓碑，凡是名字上了墓碑的人没有一个能逃过他的刺杀，但次元深感奥崎背后另有主使。与此同时，峰不二子（泽城美雪 配音）潜入某个秘密俱乐部，结果被俱乐部所有者抓获。未过多久，鲁邦和次元循着蛛丝马迹终于来到一处神秘所在，却在那里看到被囚禁起来的不二子。而就在此时，奥崎出现在他们面前……
