妖灵,最初只是出现在小范围的灵异事件中,有无害的善灵,也有危险的恶灵。一百年前,恶灵突然大量增长,肆意屠杀人类。人类数量锐减,挣扎求生,直到拥有妖气潜力,能够操纵妖灵对抗恶灵之人——御灵师们出现。在收容所长大的少年林风和他的妖灵童童一起,在这波诡云谲的时代将何去何从,未来又有怎样的机遇和危险等着他们呢
1989年,日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年,DIO复活了。同时,乔瑟夫的孙子,空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力,DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲,陷入病危情况;为了拯救命在旦夕的母亲,承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。