在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
作为蔷薇师团的团长，泷（千叶进步 配音）必须保持清净和高洁，只有这样，他才能够担负得起两万士兵的期望和信任。一直在泷身边守护着的，是一个名叫克劳斯（井上和彦 配音）的异国男子。他对幼年时的泷一见钟情，为了能够在他身边，他放弃了自己的国籍和尊严，同时也背负着同僚异样的眼光。这一切都打不倒克劳斯与泷在一起的决心，但真正令他愤怒与不解的是，曾经邀请他来到他身边的泷，却对真正履行了诺言的他态度极其冷淡。 泷有着他自己的难言之隐，但高傲的性格让他在面对克劳斯的时候无法坦白自己的内心，就是在这样的情况下，克劳斯无法自持的做出了伤害泷的事情。战争开始了，对于克劳斯的谣言愈演愈烈，安全局将他作为叛徒逮捕，严刑拷问，可是克劳斯秉着对泷的忠诚不吐露半字。军方想要铲除已经毫无价值的克劳斯，就在这紧要关头，泷美丽的身影出现在了克劳斯的面前。
