接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事,一年前與哥吉拉(Godzilla)的決戰,機龍(機械哥吉拉Mechagodzilla)受損程度37%,失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。 維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時,嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告:人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯誤,如果出動機龍,摩斯拉就會變成人類的敵人。於是信一設法說服老友也是身為總理大臣的五十嵐,希望能中止機龍的計劃。但就在此時,太平洋又出現哥吉拉的影蹤…
一天,宇宙開發中心的上空發現了來歷不明的太空船,一名神秘女子出現,中心繼而受到兩隻怪獸的襲擊。超人高斯及時出現,但怪獸極之頑強,高斯幾乎不敵,幸得春野武藏之助,二人融為一體後始威力大增,而正當怪獸快被擊退之際,另一個超人迪斯忽然出現,她竟然出手阻止高斯保護地球,最後竟令高斯及武藏死於怪獸之手。太空船的目的到底是什麼? 原來,神秘女子來地球竟是為了維持宇宙的秩序,而要把地球上所有生物全部消滅!為了自救,地球各國各盡辦法,但似乎,高斯的死已是提前判了死刑。地球即將毀於一旦,大家了無辦法,除非奇蹟出現…然而,武藏的親人和隊友都堅信高斯和武藏未死,他們四出奔走,希望奇蹟真的出現!
FAIZ將劃破黑暗