The stranded Colonials struggle to survive under the brutal Cylon rule of New Caprica, but when Galactica returns to save humanity, the fledgling Fleet resumes its search for Earth. The Cylons, after losing control on New Caprica, depart on their own mysterious quest for Earth.

第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。

小镇Jericho不远处突发性核爆炸！之后小镇被完全与外界隔离起来，镇上的人们根本不知道这次爆炸会在身体上给他们带来什么，通过人与人之间在灾难过后的恐慌，失措和绝望反映在极致的状况下他们之间的关系！

　　新世纪之初，充满不祥气息的日蚀渐次逼近，为光怪陆离、纸醉金迷的现代化社会蒙上毁灭的阴影。许是命运的安排，在七十亿人汇聚而成的茫茫人海之中，有那么几个人被赋予了特殊的能力和使命。年轻的人类进化学教授莫汗德（Sendhil Ramamurthy 饰）、高中啦啦队长克莱尔（H ayden Panettiere 饰）、沉湎药品的天才漫画家伊萨克（Santiago Cabrera 饰）、从事临终关怀的男护士皮特（Milo Ventimiglia 饰）、平凡无奇的日本职员中村广（Masi Oka 饰）、靠脱衣舞供儿子读书的单身妈妈妮基（Ali Larter 饰）等，普通的外表下，却各自拥有着独一无二的超能力。
　　他们为自身的独特而新奇、困扰，又注定肩负着前所未有的重大使命。超能力英雄，接二连三的挑战，迎头而上……

　　大家继续探索孤岛的秘密，寻找脱身方法，没想到的是，岛上竟然存在组织严密、早就在此生活的“其他人”。“其他人”将杰克（马修·福克斯 Matthew Fox 饰）、凯特（伊万杰琳·莉莉 Nicole Evangeline Lilly 饰）、索亚（詹姆斯·福特 James F  ord 饰）抓进了监狱， 他们设法逃脱，帮助杰克逃脱的是“其他人”中一个叫朱丽叶特的女人（伊丽莎白·米切尔 Elizabeth Mitchell 饰），她跟着杰克来到营地，又揭露了岛上存在过的“达摩计划”，而今“其他人”的领导者本（迈克尔·爱默生 Michael Emerson 饰）正是曾摧毁“达摩计划”的人。朱丽叶特到达营地，似乎带着本赋予她的使命，即带走幸存者中的孕妇……

《4400》讲述了4400名被外星人绑架者返回地球后的故事。用执行制片人的话来说，这些故事讲述了人们如何应对创伤性变化，而这些变化是由未知的事件和原因所驱动的。他们中的一些人受到了神秘的影响，一些人拥有了某些能力，有好有坏，所以这部剧的一部分内容就是观察他们如何适应自身内心的这些变化。