前作《A Kite》的故事结束几年之后，宇宙空间站中，各位队员边吃着宇宙食品边抱怨食品的难吃，宇航员野口折外也是其中的一员。过几天是他女儿野口百合花的生日，他托付营养员土井光一将礼物寄送给女儿。地球上，警员我贺伦追捕连续杀人犯追音香衣，后者被迫躲入女厕并劫持了一名人质。正当我贺伦对胶着的情况左右为难之际，一位少女从暗处出现，开枪击毙了追音香衣。谁也不知道，这两件看似无关的事件，有紧密的关联，宿命的轮盘开始转动。
和他同乘一班列车的少女桂言叶（冈嶋妙 配音）让伊藤诚（平川大辅 配音）久久不能忘怀，两人看似遥远的距离被日复一日的电车生活慢慢拉近了。在青少年间有一个传说，如果把喜欢的人的照片设置成为手机背景并且3个星期不被人发现的话，就可以实现成为恋人的愿望，虽然诚并不相信，但为了抒发他对言叶的感情，他仍然照做了。诚的同桌西园寺世界（河原木志穗 配音）发现了诚的秘密，热心的她决定帮助诚达成他的愿望。但在这过程中，西园寺世界发现自己对诚的感情有了微妙的变化，看着满眼只关注着言叶的诚，西园寺世界的心情非常复杂。 诚终于向言叶坦白了自己的心情，两人相约在车站见面，然而满心欢喜来到车站的诚却发现，等待着自己的是西园寺世界。天生优柔寡断的诚无法妥善的处理这复杂的三人关系，一系列不负责任的错误选择把诚推向了无法挽回的悲剧之中。
已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。 『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。 他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。 正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。 而原因却不明…… 不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影…… 那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！ 就在同一时刻 出现了能够驾驭怪兽的青年——（レイ）零 他到底是什么人？ 想象一下！激烈程度达到顶点的战斗就要开始了──！
由产业革命带动变化与更新的时代，然而，古老的生活习惯以及阶级社会仍然根深蒂固的存在——这就是19世纪末的英国伦敦。 在这样一个传统与革新，平等与歧视相交错的背景下，女佣与贵族的爱情就如同人鱼公主在化作泡沫前为王子流下的最后眼泪，凄美动人却转瞬即失。 生活在同一个国家，说着相同的语言，身份的差别却是割断两人爱情的天堑。浪漫奢华的时代氛围下涌动着的却是残酷现实的利益主义——《英国恋物语艾玛》，讲述的就是这样一个不能爱上女佣的时代。
故事发生在遥远的2035年，由于人口数量急剧下降，教学机构变得形同虚设，越来越多的人在学习和工作之间选择了后者。就是这样一个萧条的时代，一个名叫天宫学美（堀江由衣 配音）的可爱少女出现在了私立圣樱学园的校园中。这位与大环境格格不入，格外热衷于校园生活的少女，她能够一改校园中萎靡的风气吗？ 在学校里，学美结识了一群有趣的朋友们——天真懵懂的稻森光香（野中蓝 配音），活泼好动的上原睦月（井上麻里奈 配音），个性酷酷的卫藤芽生（平野绫 配音），天然呆大小姐小鸟桃叶（藤田咲 配音），在学美的影响下，原本消极的她们逐渐学会了珍惜只存在于校园中的，美好而又只能的友情。
POLYPHONICA是一个被称为“精灵”的生命也存在的异世界。与地球上存在的世界同属于平行世界，从地球被POLYPHONICA大陆传唤的人类也在这个世界生活。POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是，借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密，精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……
今天，日高佐菜（立花慎之介 配音）回到了曾经居住过的小镇上，他即将在那个充满了欢乐回忆的地方开始新的生活。可是，今日的日高早已不同于往日，曾经饱受欺辱的日子彻底改变了他单纯的性格，更有一道永远无法抹去的伤疤要陪伴日高度过他的余生。 在小镇上，日高遇见了曾经的初恋对象八代菜菜香（小清水亚美 配音），从前活泼可爱的她，如今却变成了少言寡语态度冷淡的傲娇女，这些年究竟发生了什么使得她发生了如此巨大的变化呢？在善于插科打诨的好友若月修辅（子安武人 配音）的陪伴下，日高找回了昔日的快乐时光，但总有一份不安在心中默默的酝酿。日高知道，一场回忆的狂风暴雨即将袭来。
月岛星璃（久住小春 配音）是一个活泼可爱整天没心没肺的女孩，一次偶然中，星璃在救一只小乌龟的时候不慎从树上掉了下来，并被一个神秘而又英俊的男人给接住了，这个男人名叫日渡星司（陶山章央 配音），而星璃所救的小乌龟正是他的宠物。为了报答星璃，星司给了星璃一张演唱会的入场券，深深的被星司的温柔和帅气所吸引的星璃在演出当天来到了会场，却在误打误撞之中进入了后台，遇见了个性粗暴傲娇的风真宙人。 原来，星司和宙人正是当红偶像团体SHIPS的两名成员，而星璃也在机缘巧合之下许下了想要成为偶像的承诺。
三年前的一场交通事故令凉宫遥（栗林美奈实 配音）陷入了昏迷之中，鸣海孝之（谷山纪章 配音）一直将交通事故的责任归结在自己的身上，因此陷入了痛苦和颓废之中，在此期间，爱慕着孝之的速濑水月（高桥智秋 配音）不离不弃的照顾和鼓励着孝之，两人不知不觉之中就开始了宛如情侣一般的半同居生活。 某一日，凉宫遥突然从昏迷中苏醒了，因为脑部受伤，所以她的记忆暂时出现了混乱。孝之将此当做是赎罪的契机，于是一直守护着凉宫遥，水月将这一切都看在眼里，她直到，孝之真正喜欢的只有凉宫遥一个人，黯然之中，她选择了默默退出。
故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。
